Là một văn bản pháp đạo cơ bản, được lập ra trong thời gian ngắn, nên Pháp Chánh Truyền có hình thức rất ngắn và cô đọng. Tuy nhiên, do tính chất "không sửa đổi" nên việc mở rộng ý nghĩa rõ ràng của nó gặp nhiều khó khăn. Điều này cũng là một trong những lý do dẫn đến sự phân ly thành nhiều tổ chức chi phái Cao Đài khác nhau do những cách giải thích khác nhau về Pháp Chánh Truyền. Chính vì vậy, bên cạnh việc ra đời Đạo nghị định thứ 8, nghiêm cấm các chức sắc tự ý tách rời để thành lập tổ chức các chi phái Cao Đài cũng như không thừa nhận các chi phái không tùng quyền Tòa Thánh Tây Ninh, lãnh đạo Hội Thánh Đại Đạo Tam Kỳ Phổ Độ Tòa Thánh Tây Ninh, Hộ pháp Phạm Công Tắc, đã viết Pháp Chánh Truyền chú giải, nhằm giải thích chi tiết hơn, rõ ràng hơn với các nội dung của Pháp Chánh Truyền để tránh những cách giải thích khác nhau về văn bản này.

Đối với các tín đồ Cao Đài, Hộ pháp là chức phẩm duy nhất có thẩm quyền chú giải. Do chỉ duy nhất một vị được phong vào chức phẩm này, nên cho đến nay, chỉ có một bản chú giải Pháp Chánh Truyền duy nhất.